بخش میکروب شناسی آزمایشگاه پاتوبيولوژي به آزما نوين طبق استانداردهای موجود بصورت مجزا از سایر بخش ها و مجهز به هود میکروبیولوژی لامینار کلاس II ؛ و کف شوی و سینک دستشویی اختصاصی می باشد.
دراین بخش کشت میکروبی نمونه های مختلف وهمچنین رنگ آمیزی ها و آزمایشات مستقیم باکتری شناسی ، قارچ شناسی و حشره شناسی انجام می شود.
تعیین سوش های میکروبی باتست های بیوشیمیائی اختصاصی صورت می گیردو جهت تعیین حساسیت سوش های میکروبی به آنتی بیوتیک ها از استاندارد 0/5مک فارلند استفاده می شود.
انجام آزمایشات در زیر هود کلاس II که مجهز به فیلتر اختصاصی هپا، Fan ، مهتابی وچراغ UV می باشد موجب جلوگیری از انتشار آلودگی به شخص آزمایش کننده ونیز جلوگیری از آلودگی به خارج از هود می شود.
لیست آزمایشات در بانک آزمایش ها آورده شده است .
کنترل کیفی بخش میکروب شناسی بر اساس استاندارد های CLSI انجام می شود .
کنترل کیفی محیطهای کشت میکروبی و دستگاههای بخش میکروبیولوژی به روش های مختلف شیمیایی ، دستگاهی و بیولوزیک (استفاده ازباسیلوس ترموفیلوس جهت کنترل کیفی اتوکلاو و سوش های StaphiloCoccus ، E.coli و EnteroCoccus جهت کنترل محیطهای کشت و ديسكهای آنتی بيوگرام) انجام می شوند.
بخش میکروبیولوژی مجهز به دستگاه آنتی بیوگراف جهت تعیین حساسیت آنتی بیوتیکی باکتری ها وکیت های کمپانی بیومریوجهت انجام تستهای تخصصی وتعیین سوش میکروبی بصورت نرم افزاری و با دقت بالا می باشد.